Stefan Gfrerer erhielt seine klarinettistische Grundausbildung bei Hans Gappmaier am Gymnasium St. Johann im Pongau. Seine instrumentalpädagogische Ausbildung führte ihn ans Mozarteum Salzburg zu Christine Gillhaus und an die Anton Bruckner Privatuniversität Linz zu Manfred Unterhuber (Klarinette) und Peter Rohrsdorfer (Saxophon).
Bereits als Jugendlicher spielte er viel Volks- und Blasmusik. Dies führte zu reger Referententätigkeit in diesem Bereich (u.a. Musizierwoche Oberalm, Jungmusikerseminare des Salzburger Blasmusikverbandes). 
Auch das Dirigieren und Ensembles anzuleiten begeistert ihn. Er absolvierte den Lehrgang für Blasorchesterleitung am Tiroler Landeskonservatorium Innsbruck bei Thomas Ludescher, leitete von 2012 bis 2020 die Bauernmusik St. Johann im Pongau und wird von Musikkapellen gerne zu Registerproben und Probentagen als Referent eingeladen.
Mit der Erzählerin und Musikum-Kollegin Elisabeth Haas und dem Trio Clarino Alpin hat er ein bemerkenswertes Schulprojekt namens Musiktheater Märchenschatz gestartet.
Seine eigene Musizierfreude lebt er in verschiedensten Ensembles (u.a. Salzburger Saitenbläser, Trio Clarino Alpin, Salonorchester Bischofshofen, Bauernmusik St. Johann) aus.
Seit 2002 unterrichtet er mit Freude am Musikum Salzburg.
Stefan Gfrerer lebt mit seiner Familie in St. Veit im Pongau.